Lara Schaffner studierte an der Musikhochschule Luzern mit Hauptfach Klavier und begann zugleich mit dem Orgelspiel im Nebenfach. Nach dem Klavierlehrdiplom (2005) wechselte sie in die Orgelklasse von Monika Henking. 2008 schloss sie ihre Studien mit dem Konzertdiplom (mit Auszeichnung) ab.
Danach vertiefte sie ihre Kenntnisse der französischen Orgelsymphonik in einem Masterstudiengang an der Musikhochschule in Rotterdam/NL bei Ben van Oosten, begleitet von einem Artistic Research über Marcel Dupré’s Le Chemin de la Croix. 2010 beendete sie dieses Studium „cum laude“.
Lara Schaffner war in den Jahren 2006 und 2007 Preisträgerin des Migros-Kulturprozent und erhielt 2008 den Anerkennungspreis der Edwin-Fischer-Stiftung. Seit September 2013 ist sie als Hauptorganistin an der Stadtkirche Glarus tätig, unterrichtet und gibt regelmässig Konzerte im In- und Ausland. Seit 2015 ist sie zudem künstlerische Leiterin der Orgelkonzerte St. Luzi in Chur.