Der bei Luzern lebende Schweizer Organist Markus Kühnis wurde in Rheineck (SG) geboren. Bereits als 13-Jähriger wurde er zum Hauptorganisten der Pfarrkirche Näfels (GL) berufen. Nach der Absolvierung einer Lehre als Kaufmann studierte er bei Orgelmeistern wie Hans Vollenweider (Zürich), Jean Langlais und Gaston Litaize (Paris) sowie Franz Lehrndorfer (München). Das Konzertdiplom für Orgel schloss er mit Auszeichnung ab.

In Näfels betreute er die internationale Konzertreihe „Näfelser Kirchenkonzerte“ und kam so in Kontakt mit namhaften Musikern aus aller Welt. Dies war der Auftakt zu einer intensiven internationalen Konzerttätigkeit, die bis heute anhält.

Markus Kühnis bereiste als gefeierter Konzertorganist unzählige Länder. Höhepunkte seiner Karriere sind u.a. Solorecitals an den internationalen Orgelfestivals von Prag (CZ), Montevideo (UY), Buenos Aires (AR), Mexico City (MEX) Tirgu Mures (RO), Kulmbach (DE), Magadino (CH), in den Kathedralen von Soissons (FR), Genf (CH), St. Gallen (CH) und St. Albans (GB), im Grossmünster Zürich (CH), Stadtkirche Winterthur (CH, Münster Bad Säckingen (DE), Münster Schaffhausen (CH), Ulmer Münster (DE), Kloster Einsiedeln (CH), Cankarjev Dom Liubljana (SI), Friedenskirche Potsdam-Sanssouci (DE), auf der Brucknerorgel im Stift St. Florian (AT), Heldenorgel in Kufstein (AT), Auftritte in der Tonhalle Zürich (CH), im KKL Luzern (CH) bei der Swiss Folkloric Gala und beim Tatoo on Stage, Konzerttourneen durch Ungarn (HU) nach Budapest (Matyaskirche), Kecskemet, Eger und Vac, durch Italien (Südtirol, Toscana)

Markus Kühnis ist auch ein gefragter Begleiter. Die künstlerische Zusammenarbeit führte zu Begegnungen mit Ensembles und Musikern wie Zuger Trompetentrio, Luzerner Trompetenensemble, Luzerner Kantorei, Luzerner Blaskapelle, Rigispatzen, Geschwister Küng, Gasterländer Blasmusikanten, Wiggertaler Blaskapelle, Augustinus Franz Kropfreiter, J.F. Doppelbauer, Nicolas Senn, Lisa Stoll, Noëmi Nadelmann, Willi Valotti, Dani Häusler u.v.a.

Musikproduktionen wie Radio- und Fernseheinspielungen , Schallplatten und CD‘s zeugen vom breiten Repertoire, welches jazz-, rock-, und volksorientierte Musik ebenso umfasst wie die klassische Orgelmusik von Barock bis zur Moderne, die Improvisation, eigene Kompositionen und Arrangements.

Seit 1996 leitet Markus Kühnis die Musikschule Emmen und ist Organist in der Pfarrkirche Emmen.