Matthias Grünert wurde 1973 in Nürnberg geboren. Nach dem Abitur studierte er Kirchenmusik, Gesang und Orgel an der Hochschule für Kirchenmusik in Bayreuth und an der Hochschule für Musik in Lübeck. Meisterkurse bei F. Tagliavini, J. Laukvik, M. Radulescu und anderen ergänzten seine Studien. Er ist Preisträger verschiedener Orgelwettbewerbe, so z.B. des Internationalen Wettbewerb für Kirchenmusikerinnen und Kirchenmusiker 2000.
Während des Studiums war er Assistent am Lübecker Dom und Kirchenmusiker an St. Petri im Luftkurort Bosau, wo er die regional beliebte Konzertreihe Bosauer Sommerkonzerte organisierte.
In den Jahren 2000 – 2004 hatte er das Amt des Stadt- und Kreiskantors in Greiz/Thüringen inne und führte dort an der Stadtkirche St. Marien 2003 u. a. das gesamte Orgelwerk Bachs auf. 2004 wurde er als erster Kantor der Dresdner Frauenkirche berufen und trat dieses Amt im Januar 2005 an. Seitdem ist er künstlerisch verantwortlich für die gesamte Kirchenmusik im wieder auferstandenen Barockbau. Er gründete den Chor der Frauenkirche und den Kammerchor der Frauenkirche. Beide Chöre pflegen ein umfangreiches Repertoire, das nicht nur die bekannten Werke der Oratorienliteratur umfasst, sondern auch zahlreiche unbekanntere a-cappella-Kompositionen und selten zu hörende Chorsinfonik einschließt. Der Schwerpunkt des großen Chores mit seinen 100 Sängerinnen und Sängern liegt auf dem 19. Jahrhundert. Der Kammerchor widmet sich in seiner Arbeit besonders Komponisten des 17. und 18. Jahrhunderts. Das von ihm initiierte und aus Musikern der Sächsischen Staatskapelle und Dresdner Philharmonie bestehende ensemble frauenkirche ist ständiger musikalischer Partner bei vielen Aufführungen vor Ort und darüber hinaus auf Gastspielreisen. Mit weiteren Ensembles und Orchestern arbeitet Matthias Grünert regelmäßig zusammen, so mit dem Kurpfälzischen Kammerorchester Mannheim, Le Concert Lorrain, dem Chemnitzer Barockorchester, dem Philharmonischen Orchester Altenburg-Gera oder der Robert-Schumann-Philharmonie Chemnitz. Konzertreisen als Dirigent und Organist führten ihn bisher nach Japan, Island, Frankreich, Belgien, Österreich, Italien, Tschechien, Polen und in die Schweiz. Eine umfassende Diskographie weist die musikalische Vielfalt Matthias Grünerts aus, darunter viel beachtete CD-Einspielungen u.a. bei Sony, Berlin Classics und Rondeau. Darüber hinaus dokumentieren zahlreiche Fernseh- und Rundfunk-Aufnahmen sein musikalisches Wirken.
Seit dem Wintersemester 2008/09 hat er einen Lehrauftrag für Orgel an der Hochschule für Kirchenmusik Dresden inne.